Тимол, выделенный первоначально из чабреца (тимьяна), применяют как противоглистное, дезинфицирующее и обезболивающее средство. Отвары и порошок чабреца в народной медицине применяют в виде повязок при радикулите, воспалении седалищного нерва. В виде отвара или мази на меду он «очищает грудь и лёгкие», способствует отхаркиванию и успокаивает боли. Чабрец способствует пищеварению. В виде ванн чабрец полезен при нервных заболеваниях, радикулите, ревматизме, кожных сыпях, заболеваниях суставов, мышц. Как наружное средство для растирания используют смеси, содержащие эфирное масло чабреца. Эфирное масло используют в терапии лёгочных заболеваний. Жидкий экстракт и отвар из листьев используют в качестве отхаркивающего средства. Его используют для полоскания горла, при коклюшах и бронхитах. Считают, что отвары чабреца растворяют слизь при бронхиальной астме.
Свежие и сухие листья чабреца отваривают и пьют при коклюше, болях в суставах, сердечных болях, при радикулите, невралгических заболеваниях.
В народной медицине широко применяются его отвары при простудных заболеваниях, бронхите, кашле, Существенную помощь оказывает чабрец при заболеваниях желудочно-кишечного тракта, является желчегонным, кровоочистительным, мочегонным средством. Отмечено бесспорное действие его при бессоннице.